Pomimo iż Wojny Klonów oficjalnie rozpoczęły się 22 lata przed bitwą nad Yavin(BBY) na powierzchni Geonosis, to ich korzenie sięgają dziesięć lat wcześniej - do blokady Naboo przez Federację Handlową w odpowiedzi na opodatkowanie dróg handlowych na Zewnętrznych Rubieżach. Następstwem tego wydarzenie było wybranie senatora Palpatine'a jako oficjalnego Nadkanclerza Republiki. Obiecał on, że położy kres korupcji, która była istną plagą Senatu. Niestety, pierwsze lata jego rządów, nie wskazywały na to, że zamierza dotrzymać słowa. Demilitaryzacja Federacji Handlowej była postrzegana przez większość jako lekki klaps dla Nute'a Gunraya, Wicekról tej organizacji umknął odpowiedzialności za stawiane mu zarzuty w związku z jego udziałem w blokadzie.

W tym czasie Palpatine (pod postacią swojego alter ego - Dartha Sidousa) skontaktował się z doświadczonym Mistrzem Jedi - Hrabią Dooku. Po utracie Dartha Maula na Naboo, Palpatine potrzebował nowego ucznia. Dooku, którego wiara w Republikę została poważnie naruszona po bitwie na Galidraan, był idealnym kandydatem. Stał się on Darthem Tyranusem, zabijając swojego starego przyjaciela Mistrza Jedi Sifo-Dyasa. Następnie usunął jakiekolwiek wzmianki o Kamino w Archiwach Jedi, ukrywając w ten sposób powstającą armię klonów przed członkami Zakonu. Genetyczny materiał dla żołnierzy dostarczył łowca nagród Jango Fett.

Podczas gdy przyszła Wielka Armia Republiki była szykowana, pozostałe siły sklonowanych wojowników działały już w pełni aktywnie. Klonerzy i ich dzieło nie byli żadną tajemnicą dla Obi-Wana Kenobiego, czy jego przyjaciela i byłego szmuglera - Dextera Jettstera. W roku 27 BBY siły zbrojne Republiki walczyły już po raz pierwszy z klonami, które były uznawane za niestabilne i podatne na szaleństwo, ze względu na przyspieszony proces dojrzewania. Weterani tych kampanii, tacy jak Gilad Pallaeon, który w przyszłości otrzymał tytuł Wielkiego Admirała, uznawali te potyczki za początek Wojen Klonów, ale dla większości obywateli był to po prostu symptom niestabilnej sytuacji politycznej w ówczesnej Republice.

W 24 BBY ośmioletnia kadencja Palpatine'a na stanowisku Nadkanclerza dobiegała końca. Mniej więcej w tym samym czasie, Hrabia Dooku pojawił się na Raxus Prime, by utworzyć Konfederację Niepodległych Systemów - zbiór pozbawionych koncesji międzygalaktycznych organizacji handlowych oraz rządów, których celem było odcięcie się od Republiki. W strachu przed konsekwencjami powstania takiej unii, Senat pozwolił Palpatine'owi pozostać na stanowisku dłużej niż przewidywała to Konstytucja.

W przeciągu kolejnych dwóch lat wiele systemów opuściło Republikę na rzecz Konfederatów. Wśród nich były m. in. Ando, Geonosis, Tynna, Sy Myrth czy Yag'Dhul. Później do grona dołączyły sektory Elrood, Danjar, Tantra i Sluis, w efekcie czego znaczna część Drogi Handlowej Rimma znalazła się pod rządami Separatystów. Sektor Abrion zapewnił CIS ponad 200 rolniczych planet, a Lahara kontrolę nad skrzyżowaniami dróg nadprzestrzennych Mirgoshir oraz Agamar i Oorn Tchis. Jednak i w szeregach Konfederacji zdarzały się zgrzyty. Pomimo, że Ando była częścią organizacji, Andoańskie Wolne Kolonie nadal były lojalne Republice.

Następnie do grona wymienionych systemów dołączyły wielkie korporacje takie jak Baktoid Armor Workshop, Commerce Guild, Corporate Alliance, Techno Union, Intergalaktyczny Klan Bankowy czy Federacja Handlowa. Courscant stał się celem wielu ataków terrorystycznych takich jak zamach na Senator Amidalę podczas jej wizyty przed głosowaniem nad Aktem Kreacji Militarnej, który miał nadać Nadkanclerzowi prawo do utworzenia Armii Republiki, broniącej jej granic przed Separatystami.

Po drugim zamachu na życie Amidali, Rada Jedi wydelegowała Obi-Wana Kenobiego do śledztwa, którego celem było odnalezienie odpowiedzialnych za to osób. W tym samym czasie, Anakin Skywalker eskortował Senator z powrotem na Naboo. Poszukiwania Kenobiego zaprowadziły go na Kamino, gdzie odkrył armię klonów, która w tamtym czasie liczyła dwieście tysięcy żołnierzy i kolejny milion w trakcie 'produkcji'. Spotkał także Jango Fetta, który usiłował uciec na Geonosis, ale był śledzony przez Obi-Wana. Z powierzchni planety poinformował o wszystkim Radę i następnie dostał się do niewoli. Pomimo wyraźnych poleceń Mace’a Windu, Anakin poleciał wraz z Padme na Geonosis i wkrótce także zostali pojmani. Całą trójkę skazano na śmierć.

Po ujawnieniu istnienia Armii Separatystów, Senat, zainspirowany przemową Jar Jara Binska, dał Palpatine'owi tymczasową władzę absolutną. Kanclerz zalegalizował armię klonów i tym samym utworzył Wielką Armię Republiki.